Finalmente, encontrei a resposta para esta pergunta! De acordo com a GCEP, é o seguinte:

Se você tiver voado suas horas do PC fora do aeroclube/escola de aviação (em aeronave TPP), ainda assim será possível checar com um checador do aeroclube. Mas, para isso ser viável, será necessário que a instituição avalie sua experiência (por meio da CIV) e sua proficiência (em um voo de avaliação), e emita um certificado de conclusão, ressalvando em seu verso o número de horas que o candidato possuía, em qual missão ingressou no curso, e quantas horas de voo realizou na instituição – o aeroclube/escola indicará em qual missão o candidato poderá ingressar e concluir seu curso. Com estes procedimentos, o candidato pode receber o respectivo endosso e ser encaminhado para cheque com checador do aeroclube/escola.

Obs.: Este post substitui o artigo CHECADOR DE AEROCLUBE/ESCOLA PODE CHECAR/RECHECAR PILOTOS NÃO MATRICULADOS NA INSTITUIÇÃO?, que ora torna-se obsoleto.